Utilize este identificador para citar ou criar um atalho para este documento: http://hdl.handle.net/10923/1662
Tipo: doctoralThesis
Título: 3D-Tri: um algoritmo de indução de árvore de regressão para propriedades tridimensionais - um estudo sobre dados de docagem molecular considerando a flexibilidade do receptor
Autor(es): Winck, Ana Trindade
Orientador: Ruiz, Duncan Dubugras Alcoba
Editora: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação
Data de Publicação: 2012
Palavras-chave: INFORMÁTICA
BIOLOGIA COMPUTACIONAL
MINERAÇÃO DE DADOS (INFORMÁTICA)
DINÂMICA MOLECULAR
Resumo: With the growth of biological experiments, solving and analyzing the massive amount of data being generated has been one of the challenges in bioinformatics, where one important research area is the rational drug design (RDD). The interaction between biological macromolecules called receptors, and small molecules called ligands, is the fundamental principle of RDD. In in-silico molecular docking experiments it is investigated the best bind and conformation of a ligand into a receptor. A docking result can be discriminated by a continue value called Free Energy of Binding (FEB). We are attempting on mining data from molecular docking results, aiming at selecting promising receptor conformations to the next docking experiments. In this sense, we have developed a comprehensive repository to store our molecular docking data. Having such repository, we were able to apply preprocessing strategies on the stored data and submit them to different data mining tasks. Among the techniques applied, the most promising results were obtained with regression model trees. Although we have already addressed important issues and achieved significant results, there are some properties in these experiments turning it difficult to properly select conformations. Hence, a strategy was proposed considering the three-dimensional (3D) properties of the receptor conformations, to predict FEB. This thesis presents the 3D-Tri, a novel algorithm able to handle and treat spatial coordinates in a x, y,z format, and induce a tree that predicts FEB value by representing such properties. The algorithm uses such coordinates to split a node in two parts, where the edges evaluate whether the atom being tested by the node is part of a given interval [(xi, xf );(yi, yf );(zi, zf )], where i indicates the initial position of the coordinate, and f its final position. The induced model can help a domain specialist to select promising conformations, based on the region of the atoms in the model, to perform new molecular docking experiments.
Com o avanço nos experimentos biológicos, a manipulação e análise do grande volume de dados sendo gerados por esses experimentos têm sido um dos desafios em bioinformática, onde uma importante área de pesquisa é o desenho racional de fármacos (RDD - Rational Drug Desing). A interação entre macromoléculas biológicas, chamadas de receptores, e pequenas moléculas, chamadas ligantes, é o princípio fundamental do RDD. É em experimentos in silico de docagem molecular que se investiga o melhor encaixe e conformação de um ligante em uma cavidade do receptor. O resultado de um experimento de docagem pode ser avaliado a partir de um valor contínuo de energia livre de ligação (FEB - Free Energy of Binding). Tem-se empregado esforços em minerar dados de resultados de docagem molecular, com o objetivo de selecionar conformações relevantes para reduzir o tempo de futuros experimentos de docagem. Nesse sentido, foi desenvolvido um repositório para armazenar todos os dados a respeito desses experimentos, em nível de detalhe. Com esse repositório, os dados foram devidamente pré-processados e submetidos a diferentes tarefas de mineração de dados. Dentre as técnicas aplicadas, a que apresentou-se mais promissora para o tipo de dados sendo utilizado foi árvore de decisão para regressão. Apesar dos resultados alcançados por esses experimentos serem promissores, existem algumas propriedades nos experimentos que dificultam a efetiva seleção de conformações. Dessa forma, propõe-se uma estratégia que considera as propriedades tridimensionais (3D) do receptor para predizer o valor de FEB. Assim, nesta Tese é apresentado o 3D-Tri, um algoritmo de indução de árvore de regressão que considera essas propriedades 3D, onde essas propriedades são definidas como atributos no formato x, y,z. O algoritmo proposto faz uso dessas coordenadas para dividir um nodo em duas partes, onde o átomo sendo testado para o nodo é avaliado em termos de sua posição em um bloco [(xi, xf );(yi, yf );(zi, zf )] que melhor represente sua posição no espaço, onde i indica a posição inicial de uma coordenada, e f indica a posição final. O modelo induzido pode ser útil para um especialista de domínio para selecionar conformações promissoras do receptor, tendo como base as regiões dos átomos que aparecem no modelo e que indicam melhores valores de FEB.
URI: http://hdl.handle.net/10923/1662
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