Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem: http://hdl.handle.net/10923/6704
Tipo: doctoralThesis
Título: Estudo de trialelias no marcador forense tpox e caracterização do terceiro alelo
Autor(es): Picanço, Juliane Bentes
Orientador: Alho, Clarice Sampaio
Editor: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Programa: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
Fecha de Publicación: 2014
Palabras clave: BIOLOGIA CELULAR
BIOLOGIA MOLECULAR
GENEALOGIA
GENÉTICA HUMANA
Resumen: Genotyping of polymorphic short tandem repeats (STRs) loci is widely used in forensic DNA analysis. STR loci eventually present tri-allelic pattern as a genotyping irregularity and, in that situation, the doubt about the tri-allele locus calculation can reduce the analysis strength. Alleles at the TPOX STR locus have 6– 14 different numbers of a four-nucleotide (AATG) repeat motif arranged in tandem. Although tri-allelic genotypes are generally rare, the TPOX tri-allelic pattern has a higher frequency, varying widely among populations. Despite this, there are few accurate reports to disclose the nature of the TPOX third allele. In this work we performed two studies: In the first one we present data obtained from 45 individuals belonging to the same pedigree, in which there were cases of tri-allelic TPOX genotypes. The subjects were apparently healthy with a normal biological development. We noticed six tri-allelic cases in this family, and all of them were women. Karyotype analysis showed no occurrence of partial 2p trisomy. All the tri-allelic cases had the genotype 8–10–11, probably due to three copies of the TPOX STR sequence in all cells (Type 2 tri-allelic pattern). Based on previous data we assumed an allele 10 as the TPOX third allele. The pedigree analyses show evidence that the TPOX extra allele was an allele 10, it is placed far from the main TPOX locus, and that there is a potential linkage of the TPOX extra-allele-10 with one marker on Xq. This was the first study that included a large pedigree analysis in order to understand the nature TPOX tri-allelic pattern. In the second study, we investigate whether there is a single third-extra allele in the TPOX tri-allelic pattern, what it is, and where it is. We looked for TPOX tri-allelic subjects in 75,113 Brazilian families. Considering only the parental generation (mother+father) we had 150,226 unrelated subjects evaluated. From this total, we found 88 unrelated subjects with tri-allelic pattern in the TPOX locus (0. 06%; 88/150,226). Seventeen percent of these subjects (15/88) presented heterozygosis with peak imbalance, which we describe as a derived category to Clayton’s Type 2 tri-allelic pattern (a higher peak of double dose homozygote plus a regular sized peak). In this paper we presented detailed data from 66 trios (mother+father+child; with true biological relationships) where the tri-allelic pattern was observed in the mother or in the father. In 39 of these families (39/66; 59%) the third-extra TPOX allele was transmitted either from the mother or from the father to the child. Our evidence indicated an allele 10 as the thirdextra TPOX allele, and it is on the X chromosome. The present data, which support the previous hypothesis, improve the knowledge about tri-allelic pattern of TPOX CODIS' locus allowing the use of TPOX profile in forensic analyses even when with tri-allelic pattern. This evaluation is now available for different forensic applications.
A genotipagem de short tanden repeats ( STRs ) é amplamente utilizada na análise de DNA forense, contudo eventuais ocorrências de trialelias podem reduzir o poder da análise. Alelos do lócus de STR TPOX tem de 6-14 números diferentes do motivo de repetição em tandem de quatro nucleotídeos (AATG). Apesar dos genótipos tri-alélicos sejam geralmente raro, o padrão tri-alélico do TPOX tem uma alta freqüência, variando amplamente entre as populações. Apesar disso, há poucos relatos precisos para divulgar a natureza do terceiro alelo do TPOX. Neste trabalho nós realizamos dois estudos: No primeiro, apresentamos os dados obtidos a partir de 45 indivíduos pertencentes à mesma linhagem, em que houve casos de genótipos tri-alélicos do TPOX. Os indivíduos foram aparentemente saudável, com um desenvolvimento biológico normal. Percebemos seis casos tri-alélicos nesta família, e todos eles foram em mulheres. A análise do cariótipo mostrou nenhuma ocorrência de trissomia parcial 2p. Todos os casos trialélicos tinham o genótipo 8-10-11, provavelmente devido a três cópias da seqüência do STR TPOX em todas as células (Padrão tri-alélico tipo 2). Com base nos dados anteriores, assumimos o alelo 10 como sendo o terceiro alelo do TPOX. As análises do pedigree mostraram evidências de que o alelo extra do TPOX foi o alelo 10, é localizado distante do lócus principal do TPOX, e que existe um potencial de ligação entre o alelo- extra-10 do TPOX com um marcador em Xq. Este foi o primeiro estudo que incluiu uma grande análise do pedigree, a fim de compreender a natureza do padrão tri-alélico do TPOX. No segundo estudo, investigamos se há um único terceiro extra-alelo no padrão tri-alélico do TPOX, o que é ele, e onde está. Nós pesquisamos por indivíduos tri-alélicos no lócus TPOX em 75. 113 famílias brasileiras. Considerando apenas a geração parental (mãe + pai) tivemos 150. 226 indivíduos não relacionados avaliados. Desse total, encontramos 88 indivíduos não relacionados com o padrão tri-alélico no lócus TPOX (0,06%, 88/150, 226). Dezessete por cento destes indivíduos (15/88) apresentaram heterozigoses com desbalanço de picos, que descrevemos como uma categoria derivada do padrão tri-alélico de Clayton Tipo 2 (um pico mais alto de homozigoto dose dupla, mais um pico de tamanho regular). Neste trabalho, apresentamos dados detalhados de 66 trios (mãe + pai + filho; com verdadeiras relações biológicas) onde o padrão tri-alélico foi observado na mãe ou no pai. Em 39 destas famílias (39/66; 59%) o terceiro alelo-extra do TPOX foi transmitido tanto a partir da mãe ou do pai para a criança. Nossas evidências indicaram o alelo 10 como sendo o terceiro alelo-extra do TPOX, e ele está no cromossoma X. Os dados apresentados, os quais suportam as hipóteses anteriores, melhoram o entedimento sobre o padrão tri-alélico do lócus TPOX do CODIS permitindo o uso do perfil TPOX em análises forense, mesmo quando com o padrão tri-alélico. Essa avaliação está agora disponível para diferentes aplicações forenses.
URI: http://hdl.handle.net/10923/6704
Aparece en las colecciones:Dissertação e Tese

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