| Resumen: | A onça-pintada (Panthera onca) é o maior felídeo das Américas, um predador de topo de cadeia trófica que se encontra ameaçado de extinção devido à perda e fragmentação de seus habitats, conflito com humanos e tráfico de fauna. Um aspecto-chave do delineamento, implementação e monitoramento de programas de conservação desta espécie é a análise de seus padrões de diversidade genômica em ambientes com diferentes níveis de fragmentação. Neste estudo, foram sequenciados 10 genomas completos de onças-pintadas, os quais foram analisados em conjunto com 10 outros genomas sequenciados previamente. Essa amostra de 20 genomas, representando diferentes biomas brasileiros, permitiu a análise de padrões de diversidade, com especial foco na prevalência de blocos homozigotos, em populações remanescentes desta espécie. Observamos altos níveis de homozigose, indicando endocruzamento recente, em indivíduos da Mata Atlântica costeira, alguns indivíduos da Mata Atlântica de Interior, e em um indivíduo amazônico amostrado no ‘Arco do Desmatamento’. Os padrões observados permitem concluir que a fragmentação de paisagens, com consequente desconexão das pequenas populações de onças-pintadas remanescentes em algumas regiões, geram efeitos mensuráveis, e em alguns casos severos, nos genomas dos indivíduos amostrados. Estes resultados fornecem informações relevantes para embasar estratégias de conservação e manejo da onça-pintada nos biomas brasileiros em que a espécie ainda persiste.
The jaguar (Panthera onca) is the largest felid in the Americas, a top predator that is threatened due to habitat loss and fragmentation, compounded by conflict with humans and wildlife trafficking. A key aspect of the design, implementation and monitoring of conservation programs for this species is the analysis of its patterns of genomic diversity in habitats with different levels of fragmentation. In this study, 10 whole genomes of free-living jaguars were sequenced, which were analyzed along with 10 other genomes reported previously by our research group. This sample of 20 genomes, representing different Brazilian biomes, allowed the analysis of diversity patterns, particularly focusing on the prevalence of Runs of Homozygosity, in remaining jaguar populations. We observed high levels of homozygosity, indicating recent inbreeding, in individuals sampled in the coastal Atlantic Forest, some individuals from the Inner Atlantic Forest, and one Amazonian individual sampled in the ‘Deforestation Arc’. The observed patterns allowed the conclusion that habitat fragmentation, leading to the disconnection among small jaguar populations remaining in some regions, generate measurable, and in some cases severe, effects in the genomes of the sampled individuals. These results provide relevant information to empower conservation and management strategies for jaguars in the Brazilian biomes in which the species still persists. |
