Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10923/1387
Type: masterThesis
Title: Avaliação de genes nucleares como marcadores filogenéticos em duas linhagens recentes de carnívoros neotropicais
Author(s): Simão, Taiz Leonor Lopes
Advisor: Eizirik, Eduardo
Publisher: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
Graduate Program: Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
Issue Date: 2011
Keywords: BIOLOGIA
ZOOLOGIA
FILOGENÉTICA
FELINOS
CARNÍVOROS
Abstract: The Neotropical region holds approximately 30% of the current species diversity in the carnivoran families Felidae (subordem Feliformia) and Canidae (subordem Caniformia), which migrated to South America after the closure of the Panamanian Isthmus, ca. 3 million years ago. Due to the recent speciation process that characterizes each of these groups, some aspects of their phylogenetic structure remain controversial, especially those related to the evolutionary relationships among species belonging to two lineages, the genus Leopardus (Felidae) and the genus Lycalopex (Canidae). The objective of the present study was to perform a comparative characterization of the evolutionary history of these genera, using sequences of multiple independent nuclear gene loci and multiple individuals per species to investigate the occurrence of genealogical discordance, as well as to infer a ‘species tree’ for each lineage using the program *BEAST. We observed both intra-specific and interspecific variation for all the surveyed segments. Genealogical discordance was identified among segments, highlighting the complexity of the task of reconstructing the phylogeny of such groups by employing nuclear markers. The estimated genealogies demonstrated that species were often not monophyletic, while there were several cases of inter-specific haplotype sharing. Nevertheless, the species tree reconstructed for Leopardus was highly resolved and supported, indicating that our data set contained sufficient genealogical information to retrieve this phylogeny. However, in the case of Lycalopex, most of the internal nodes received low support, indicating that a larger number of genes will likely be necessary to consistently resolve its phylogenetic structure using this type of approach. Overall, our results have empirically demonstrated the occurrence of genealogical discordance in both lineages, and illustrated the potential of multi-locus analyses to resolve phylogenies underlying recent diversification processes.
A região Neotropical abriga aproximadamente 30% da diversidade de espécies das famílias Felidae (subordem Feliformia) e Canidae (subordem Caniformia) (Eisenberg & Redford 1999), as quais migraram para a América do Sul após a formação do istmo do Panamá, há cerca de 3 milhões de anos. Devido ao recente processo de especiação que caracteriza estes grupos, alguns aspectos de sua estrutura filogenética permanecem controversos, especialmente no que tange às relações evolutivas entre espécies pertencentes a duas linhagens, o gênero Leopardus (Feliformia, Felidae) e o gênero Lycalopex (Caniformia, Canidae). O objetivo do presente estudo é caracterizar de forma comparativa a história evolutiva dos gêneros Leopardus e Lycalopex, empregando seqüências de múltiplos segmentos nucleares e múltiplos indivíduos por espécie, avaliando a eficácia deste tipo abordagem para a resolução de processos recentes de diversificação através do programa *BEAST. Para cada um dos genes analisados, observamos a ocorrência de variação interespecífica e intra-específica em ambas as linhagens. Discrepâncias genealógicas consideráveis foram constatadas entre os segmentos, evidenciando a complexidade da tarefa de reconstruir a filogenia destes grupos com marcadores nucleares. As genealogias estimadas demonstraram que em muitos casos as espécies não se apresentam monofiléticas, o que ocorre em paralelo com o compartilhamento de haplótipos entre espécies. Não obstante, para Leopardus, obtivemos uma species tree com alta resolução. Para Lycalopex, entretanto, a maior parte dos nós internos permaneceu com baixo suporte, indicando que um número maior de genes será provavelmente necessário para que se busque uma resolução consistente da filogenia deste grupo empregando estratégias multi-locus. De forma geral, nossos resultados demonstraram de forma empírica a ocorrência de discordância genealógica em ambas as linhagens, e ilustraram o potencial de análises multi-locus na resolução de filogenias que envolvam processos recentes de diversificação.
URI: http://hdl.handle.net/10923/1387
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