| Abstract: | O efeito do critério de otimização tem sido amplamente discutido na sistemática filogenética, especialmente em relação ao desempenho dos métodos paramétricos e não paramétricos. Porém, outros fatores analíticos menos discutidos na literatura (p. ex. alinhamento, pessagem de caracteres, codificação de indels, seleção de modelos), podem ter efeitos tão importantes como o critério de otimização nas análises de inferência filogenética. Neste trabalho, foram utilizadas seis estratégias analíticas, combinando diferentes critérios de otimização (Parcimônia vs. Máxima Verosimilhança), métodos de alinhamento (tree-aligment ou otimização direta vs. alinhamento por similaridade), e três métodos de codificação de indels, para avaliar o efeito de cada uma destas variáveis na inferência das relações filogenéticas de Hemiphractidae a partir de uma matriz de evidência total. A matriz analisada foi construída principalmente por dados gerados nos mais recentes e extensos trabalhos filogeneticos de Hemiphractidae, e 219 sequências de DNA geradas neste estudo correspondentes a 10 genes mitocôndrias e nucleares de 30 especies de pererecas marsupiais. O conjunto de dados final incluiu, 143 terminais de Hemiphractidae, 127 terminais do grupo externo, sequências de DNA de 20 genes mitocondriais e nucleares, e 51 caracteres fenotípicos. A comparação dos resultados das seis estratégias analíticas, mostrou que tanto o método de alinhamento como o método de codificação de indels, podem gerar diferenças da mesma magnitude que o critério de otimização. Portanto, os resultados deste trabalho contribuem com evidencia empírica sobre o importante rol das homologias inferidas a través do alinhamento, e da informação dos indels na inferência de relações filogenéticas.
Alternative and often discordant phylogenetic hyphoteses are published simultaneously or successively for many groups. Therefore, studies that investigate the potential effect of relevant analytical factors become a useful approach needed to choose among analytical options and detect the causes of observed differences. Six analytical strategies were used, combining different optimality criteria (parsimony vs. maximum likelihood), alignment methods (tree- vs. similarity-alignment), and three indel coding schemes to study their effect on the inferred phylogenetic relationships based on a total-evidence dataset of Hemiphractidae. The comparison of the results of the six analyses demonstrated that: (i) alignment and indel coding methods can both influence phylogenetic relationships in the same degree as the optimality criterion; (ii) previous differences observed among studies were not caused by differences in character or taxon sampling, but by differences in analytical factors; (iii) current implementations of maximum likelihood support topologies without evidence due to undersampling limitations; and (iv) the two current supraspecific taxonomies used for Gastrotheca are incompatible with my results. |
